绿色有机合成方向瞄准绿色合成化学的发展前沿，发展符合原子经济性原理的环境友好合成方法与技术；利用计算机辅助分子设计，应用化学或生物合成技术，研究新手性药物先导化合物的设计与合成；针对现有生产工艺存在重大污染的大品种药物(如强力霉素等)，开展绿色不对称催化及生物合成关键技术研究。
绿色有机反应：从化学原理入手，发展绿色新方法、新试剂；发展高选择性、高效、符合原子经济性原理的合成方法与技术；以及环境友好介质中的、实用方法与技术研究。
手性药物设计与合成：利用计算机辅助分子设计，通过探讨药物活性分子与作用靶酶之间的选择性相互作用，应用化学或生物合成技术，研究新手性药物先导化合物的设计与合成。
药物、药物中间体绿色生产新工艺:针对生产工艺存在重大污染的药物大品种药物及中间体，开展绿色合成工艺研究，研究其生产过程的关键科学及技术问题。
